Permasalahan yang dihadapi dalam program transmigrasi setelah era otonomi daerah adalah pembangunan yang tidak merata.

Otonomi daerah memberikan hak, wewenang, dan kewajiban dae­rah otonom untuk meng­atur dan mengurus sendiri urus­an pemerintahan dan ke­pen­tingan masyarakat. Meskipun tujuannya mulia agar pembangunan dapat merata, tetapi pada kenyataannya otonomi daerah tetap menimbulkan disparitas antardaerah atau ketimpangan pembangunan daerah.

Setiap daerah mempunyai potensi yang berbeda baik dari segi sumber daya alam maupun sumber daya manusianya. Hal ini dapat menghambat program transmigrasi karena transmigran yang berasal dari daerah yang awalnya pembangunannya lebih baik kemudian pindah ke wilayah yang pembangunannya kurang baik, dikhawatirkan akan kembali ke daerah asalnya. Apalagi perkembangan transportasi memudahkan masyarakat untuk berpindah dari satu tempat ke tempat lainnya.

semoga membantu