Masalah yang muncul dalam pembuatan Prototipe Throw Away.

1. Biaya. Pembuatan prototipe throw away membutuhkan biaya yang cukup besar karena prototipe tersebut hanya digunakan sekali dan dibuang setelah selesai digunakan.
2. Waktu. Pembuatan prototipe throw away membutuhkan waktu yang relatif lama karena harus merancang dan memproduksi prototipe dari awal.
3. Keterbatasan desain. Karena prototipe throw away dibuat dengan tujuan untuk digunakan sekali dan dibuang, maka desainnya mungkin lebih sederhana dan kurang kompleks dibandingkan dengan prototipe yang dirancang untuk digunakan dalam jangka waktu yang lebih lama.
4. Kurangnya umpan balik. Dalam pembuatan prototipe throw away, umpan balik atau masukan dari pengguna mungkin tidak tersedia karena prototipe tersebut hanya digunakan sekali dan dibuang.
5. Penggunaan bahan yang tidak ramah lingkungan. Karena prototipe throw away dibuang setelah selesai digunakan, maka bahan yang digunakan untuk membuat prototipe tersebut mungkin tidak ramah lingkungan dan dapat menimbulkan dampak negatif bagi lingkungan.