Sidang Istimewa pada tahun 1999 dilakukan dengan agenda pidato pertanggungjawaban Habibie sebagai presiden pada tanggal 14 Oktober 1999. Pertanggungjawaban tersebut dinyatakan ditolak pada tanggal 20 Oktober 1999[5], tetapi tidak menyebabkan kejatuhan Habibie. Hanya saja, Habibie menyatakan tidak akan mencalonkan diri lagi sebagai presiden berikutnya. Akhirnya fraksi Partai Golkar mengalihkan dukungannya kepada Abdurrahman Wahid, yang kemudian menjadi presiden ke-4 Indonesia.