Ada beberapa alasan mengapa pemuliaan tumbuhan atau hewan dapat merugikan keanekaragaman makhluk hidup. Salah satu alasannya adalah bahwa dengan mengandalkan pada spesies yang dianggap unggul, maka kemungkinan akan terjadi penurunan populasi atau bahkan kepunahan spesies lain yang tidak dianggap unggul. Hal ini dapat terjadi karena spesies yang dianggap unggul akan diprioritaskan untuk dibudidayakan atau dikembangbiakkan, sehingga spesies lainnya tidak mendapat kesempatan yang sama untuk bertahan dan berkembang.

Selain itu, pemuliaan yang tidak dilakukan dengan hati-hati juga dapat menyebabkan munculnya mutasi yang tidak diinginkan, yang dapat menyebabkan kemunduran dari sifat-sifat yang dianggap unggul atau bahkan membahayakan keberlangsungan hidup spesies tersebut.