Lembaga kajian hukum Islam seperti MUI (Majelis Ulama Indonesia), Bahtsul Masa'il NU (Badan Penyelidik dan Pengkaji Fatwa Majelis Ulama Indonesia), dan Majelis Tarjih Muhammadiyah bekerja dengan cara membukukan fatwa-fatwa yang telah dikeluarkannya, yang kemudian dapat diakses oleh masyarakat. Mereka juga dapat memberikan sambutan atau komentar terkait isu-isu hukum Islam yang sedang hangat dibicarakan di masyarakat, dan memberikan edukasi kepada masyarakat tentang hukum Islam melalui berbagai media seperti seminar, workshop, atau pengajian.

Lembaga-lembaga tersebut juga biasanya memiliki sejumlah ulama atau ahli hukum Islam yang bertugas untuk mengkaji dan mengeluarkan fatwa-fatwa yang dianggap sesuai dengan prinsip-prinsip hukum Islam. Proses pengkajian ini melibatkan pembahasan dan diskusi yang dilakukan oleh para ulama atau ahli hukum tersebut, yang kemudian dituangkan dalam bentuk fatwa yang kemudian dapat diikuti oleh masyarakat.

Dengan demikian, cara kerja atau system lembaga kajian hukum Islam seperti MUI, Bahtsul Masa'il NU, dan Majelis Tarjih Muhammadiyah adalah dengan mengkaji dan mengeluarkan fatwa-fatwa hukum Islam serta memberikan edukasi kepada masyarakat tentang hukum Islam melalui berbagai media.