Pemerintahan dinasti ini bersifat oligarki militer walaupun tidak sepenuhnya diterapkan oleh masing-masing sultan, seperti yang berlangsung pada masa pemerintahan Sultan Al-Nasir Muhammad bin Qalawun (1280-1290) di Mesir.

Qalawun menerapkan sistem pergantian sultan secara turun-temurun. Sistem oligarki militer yang dijalankan oleh Dinasti Mamluk ini merupakan yang pertama kali diterapkan dalam sistem pemerintahan Islam.

Bentuk pemerintahan oligarki militer adalah suatu bentuk pemerintahan yang menerapkan susunan kepemimpinan yang dipilih di antara para Mamluk yang paling kuat dan berpengaruh dan bukan melalui garis keturunan.

Karena itu, sistem ini lebih mementingkan kecakapan, kecerdasan, dan keahlian dalam peperangan. Sultan yang lemah bisa saja disingkirkan atau diturunkan dari kursi jabatannya oleh seorang Mamluk yang lebih kuat dan memiliki pengaruh besar di tengah-tengah masyarakat.

Kelebihan lain dari sistem oligarki militer ini adalah tidak adanya istilah senioritas yang berhak atas juniornya untuk menduduki jabatan sultan, melainkan melihat kepada keahlian dan kepiawaian seorang Mamluk tersebut.

Dengan sistem pemerintahan oligarki militer ini, kedudukan amir menjadi sangat penting. Para amir berkompetisi dalam prestasi karena mereka merupakan kandidat sultan.