Pembubaran PKI dan organisasi massanya dimulai sejak Letjen Soeharto mendapat mandat Surat Perintah Sebelas Maret. Melalui legitimasi tersebut, ia mengambil beberapa tindakan untuk menjamin keamanan dan stabilitas pemerintahan. Pada tanggal 12 Maret 1966, keluar surat keputusan yang berisi pembubaran dan larangan bagi PKI serta ormas-ormas yang bernaung dan berlindung atau senada dengannya untuk beraktivitas di wilayah Indonesia. Keputusan ini kemudian diperkuat dengan Keputusan Presiden/Pangti ABRI/Mandataris MPRS No.1/3/1966 tanggal 12 Maret 1966.

Pada 18 Maret 1966, Letjen Soeharto mengamankan 15 mentri yang dinilai terlibat dalam G30S/PKI. Setelah itu, ia memperbaharui Kabinet Dwikora yang disempurnakan dan membersihkan lembaga legislatif, termasuk MPRS dan DPRGR.