Sultan memusatkan perhatian untuk menyerang pusat kekuasaan kompeni: Batavia. Sejak awal 1628 Sultan Agung mengeluarkan perintah:

"Melarang penjualan beras kepada VOC. Siapa melanggar larangan ini akan dihukum berat".

Untuk itu dilakukan penutupan (kota pelabuhan) seluruh pantai Jawa. Berdasarkan catatan sejarawan Belanda DR Graaf (meninggal 1920-an), penutupan (kota pelabuhan) seluruh pantai Jawa dilakukan pada awal 1628.

Selasa 22 Agustus 1628: Panglima Tertinggi Armada Jawa dengan 50 (kapal Jawa) dengan 900 awak kapal yang memuat: 130 ekor ternak, 3600 liter beras, 10.600 ikat padi, 26 ribu butir kelapa, 5.900 batang gula.

Kamis 24 Agustus: tiba tujuh kapal Jawa. Jumat 25 Agustus 1628 tiba lagi 27 kapal Jawa yang memuat ternak.

Awak kapal menyerang penjaga pasar dan benteng VOC yang kala itu belum usai dibangun. Orang-orang Jawa yang berada di luar menyeberangi air dengan jalan kaki dan menggabungkan diri dengan teman-temannya. Mereka maju terus sampai ke balik tembok benteng.

Terjadi pertempuran hingga pagi hari. Pasukan Mataram mundur dan tersisa satu orang dengan tombak di tangan berlari kian kemari berteriak 'amuk'. Ia ditembak 30 tembakan senapan sebelum menemui ajalnya. Pasukan Mataram mundur dan mendarat di Marunda.

pasukan Mataram melakukan pengepungan sekarang ini letaknya di sekitar Jl Lodan (Kampung Bandan) - Jl Pinangsia Timur , tidak jauh dari pusat pertokoan Glodok. Dalam pertempuran yang masih terus berlanjut, pasukan Mataram bertelanjang baju dan tanpa alas kaki sedangkan pasukan VOC bertopi baja dan baju perang.

Sabtu 26 Agustus 1628 tiba pasukan besar Mataram dengan kibaran panji-panji di bawah Panglima Temanggung dari Kendal. Dalam penyerangan ke Batavia, Mataram mengerahkan sekitar 90 ribu prajurit.

Jalan kaki ke Batavia memerlukan waktu tiga bulan dan dua pekan dengan kapal laut. Pada 10 September 1628 pasukan Mataram memajukan garis pertahanan sampai 'sejauh tembakan pistol' dari kota dan sembunyi di barikade kayu dan bambu. Sedangkan meriam dan perlengkapan perang mereka ditarik oleh kerbau (pedati).

Rabu 12 September 1628, 65 orang pasukan Belanda (dilindungi 150 penembak) menyerang 'baluwarti' mengusir 200-300 pasukan Mataram. 30-40 pasukan Mataram meninggal. Orang-orang Cina turut membantu Belanda ikut menyerang dengan semangat dan membakar parit perlindungan Mataram.

Dengan semangat pantang menyerah, Kamis 21 September 1628 semalam penuh pasukan Mataram menaiki dengan tangga atau mendobrak Belanda sampai kehabisan peluru. Belanda menyerang balik dengan 300 serdadu dan 100 orang sipil.

Sekitar 1.200-1.300 pasukan Mataram gugur. Sekitar 2.000 sampai 3.000 ditawan. Dari interogasi tawanan diperkirakan 3.000-4.000 masih berkeliaran di hutan mencari makan.