Islam pertama kali masuk ke Negeri Melayu sekitar abad ke-7 melalui pedagang Arab. Penyebaran Islam di Negeri Melayu lebih didominasi oleh perdagangan dan perkawinan antara pedagang Arab dan penduduk setempat daripada melalui penaklukan. Islam kemudian semakin diterima oleh masyarakat setempat dan menjadi agama mayoritas di Negeri Melayu pada abad ke-15.

Pada masa kolonialisme, penjajah Belanda berusaha untuk mengendalikan perkembangan Islam di Negeri Melayu dengan memisahkan agama dan negara. Namun, gerakan keagamaan seperti Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama lahir untuk membela hak-hak umat Islam dan memperjuangkan kemerdekaan Indonesia.

Setelah Indonesia merdeka, Islam dijadikan sebagai salah satu dasar negara. Terjadi pula perubahan dalam tafsir dan pemahaman Islam di Indonesia, seperti munculnya Islam liberal, Islam konservatif, dan Islam politik. Terdapat pula perkembangan pesat dalam pendidikan Islam, dengan banyaknya perguruan tinggi dan lembaga pendidikan Islam yang berkembang.

Saat ini, Islam di Indonesia semakin berkembang dan semakin banyak berbagai macam gerakan keagamaan dan pemikiran Islam yang muncul. Indonesia juga menjadi negara dengan jumlah umat Muslim terbesar di dunia dan menjadi pusat perhatian dalam studi Islam global. Meskipun demikian, masih terdapat tantangan dan perdebatan terkait dengan tafsir dan pemahaman Islam yang beragam di masyarakat.