Gus Dur telah banyak berkontribusi dalam upaya mendamaikan hubungan Islam dengan Pancasila. Ia menyarankan agar umat Islam dan umat non-Islam harus saling menghormati dan menghargai satu sama lain demi kepentingan nasional. Ia juga menyarankan agar umat Islam dan umat non-Islam harus memahami ajaran-ajaran dari agama masing-masing dan menempatkan nilai-nilai Pancasila sebagai landasan bagi semua umat agama untuk hidup bersama dalam kemajemukan. Ia juga menekankan peran umat Islam dalam memperjuangkan demokrasi dan nilai-nilai Pancasila yang didasarkan pada kemerdekaan, keadilan, dan kesetaraan.