Setelah munculnya perpecahan di tubuh PGRI yang memunculkan PGRI Non Vaksentral/PKI, terjadi konflik dan persaingan antara kedua kubu tersebut. PGRI Non Vaksentral/PKI mendukung pemerintahan Soekarno yang didukung oleh PKI, sementara PGRI yang loyal kepada Pancasila dan UUD 1945 mendapat dukungan dari tentara. Usaha yang dilakukan untuk menghadapi PGRI Non Vaksentral/PKI antara lain adalah:

• Mengadakan kongres luar biasa PGRI di Bandung pada tahun 1964 yang menegaskan kembali Pancasila sebagai dasar pendidikan nasional dan menolak segala bentuk dualisme di tubuh PGRI.

• Melakukan konsolidasi organisasi dan keanggotaan PGRI di seluruh Indonesia dengan menggalang dukungan dari pemerintah daerah, tokoh masyarakat, dan organisasi kemasyarakatan lainnya.

• Menyelenggarakan seminar-seminar dan diskusi-diskusi untuk memberikan pemahaman dan pengetahuan tentang ideologi Pancasila, sejarah perjuangan bangsa, dan bahaya komunisme bagi guru-guru.

• Mengambil alih aset-aset dan fasilitas-fasilitas yang sebelumnya dikuasai oleh PGRI Non Vaksentral/PKI, seperti gedung-gedung, sekolah-sekolah, dan media massa.

• Menjalin kerjasama dengan organisasi guru lainnya, seperti KAGI (Kesatuan Aksi Guru Indonesia) dan KKG (Kesatuan Kepala Sekolah Indonesia), untuk memperkuat posisi PGRI sebagai organisasi tunggal guru di Indonesia.