Faktor-faktor yang melatarbelakangi terjadinya perbedaan keberagaman umat Islam di Indonesia antara lain :

• Sejarah perkembangan agama Islam di Indonesia yang beragam, yang memunculkan berbagai tradisi dan kepercayaan yang berbeda-beda.
• Perbedaan kultur dan budaya yang dimiliki oleh setiap suku dan etnis di Indonesia.
• Penerapan pemahaman Islam yang berbeda-beda oleh para ulama dan kiai di setiap daerah.
• Pemahaman yang berbeda tentang ajaran Islam dan fiqh yang digunakan dalam kehidupan sehari-hari.
• Dampak pengaruh dari agama lain yang ada di Indonesia.

Untuk mengelola perbedaan keberagaman umat Islam di Indonesia dalam konteks keindonesiaan, diperlukan kerja sama dan dialog antar kelompok umat Islam yang berbeda-beda.

Pemerintah juga harus memainkan peran penting dalam menyediakan fasilitas dan sarana yang memungkinkan umat Islam untuk berdiskusi dan berdialog dengan sesama. Pemerintah juga harus menjunjung tinggi prinsip-prinsip toleransi dan kerukunan dalam mengelola perbedaan keberagaman umat Islam.

Selain itu, pendidikan yang baik dan benar tentang ajaran Islam dan toleransi harus diberikan kepada generasi muda untuk menumbuhkan rasa saling menghormati dan toleransi dalam keberagaman.