Terdapat tiga jalur rempah-rempah di Indonesia, yaitu:

1 . Jalur Sutra: Jalur ini terletak di sebelah barat Indonesia dan meliputi Aceh, Sumatera Utara, Riau, Jambi, dan Palembang. Jalur ini disebut juga jalur Barat dan menjadi jalur rempah-rempah pertama yang dikenal dunia. Jalur ini merupakan jalur perdagangan rempah-rempah yang paling tua di Indonesia, yang terbentang sepanjang pantai barat Sumatera dan menyusuri sungai-sungai di pulau-pulau kecil sebelah barat Sumatera. Bukti adanya jalur ini dapat dilihat dari catatan sejarah dan geografi dari perjalanan Marco Polo (1292-1295) dan Ibn Batuta (1345-1346) yang menyebutkan tentang keberadaan pedagang-pedagang Arab dan India yang berdagang di wilayah tersebut untuk membeli rempah-rempah.

2 . Jalur Laut: Jalur ini terletak di sebelah timur Indonesia dan meliputi Maluku, Nusa Tenggara, Sulawesi, dan Papua. Jalur ini merupakan jalur perdagangan rempah-rempah yang sangat penting dan menjadi pusat perdagangan rempah-rempah di masa lalu. Bukti adanya jalur ini dapat dilihat dari berbagai catatan sejarah, seperti catatan-catan Laksamana Cheng Ho dari Tiongkok, catatan-catan para pelaut Belanda dan Portugis pada abad ke-16 dan ke-17, serta catatan-catan penjelajah Inggris seperti Alfred Russel Wallace.

3 . Jalur Darat: Jalur ini meliputi daerah pedalaman Kalimantan, Sulawesi, dan Papua. Jalur ini kurang dikenal dibandingkan dengan dua jalur sebelumnya, namun tidak kalah pentingnya dalam sejarah perdagangan rempah-rempah di Indonesia. Bukti adanya jalur ini dapat dilihat dari catatan sejarah yang menggambarkan adanya jalan-jalan penghubung antara pedesaan dan kota-kota perdagangan rempah-rempah di wilayah-wilayah tersebut.