Pada awal berdirinya hingga tahun 1610, terdapat Dewan Tujuh Belas yang bertugas menjalankan berbagai urusan VOC.Namun, dewan ini tidak dapat menjalankan tugasnya secara cepat dan efektif karena kedudukannya berada di Amsterdam.

Berawal dari permasalahan ini, kemudian diciptakan jabatan baru dalam VOC, yaitu gubernur jenderal, yang bertugas mengendalikan kekuasaan di negeri jajahan Belanda.

Gubernur jenderal VOC yang pertama adalah Pieter Both, yang langsung menjalankan tugasnya.

Pada 1610, Pieter Both mendirikan pos perdagangan VOC di Indonesia yang pertama, yaitu di Banten.

Di tahun yang sama, ia pergi ke Jayakarta (Jakarta) dan berhasil menjalin hubungan baik dengan penguasanya, Pangeran Wijayakrama.Pada 1611, Pieter Both mengadakan perjanjian dengan Pangeran Wijayakrama guna pembelian sebidang tanah yang berlokasi di sebelah timur muara Ciliwung.

Tanah inilah cikal bakal Batavia, yang kemudian menjadi pusat kekuasaan VOC di Indonesia.

Masa kepemimpinan Pieter Both dan dua gubernur jenderal setelahnya tidaklah lama.

Pada 1619, pada masa pemerintahan Gubernur Jenderal J.P. Coen, VOC berhasil menguasai Di atas puing-puing kota itulah J.P. Coen membangun kota baru yang diberi nama Batavia, sebagai pusat kekuatan VOC Jayakarta dan membakar seluruh isi kota.