Perlawanan terjadi di beberapa daerah di Irian Jaya, antara lain sebagai berikut.

a) perlawanan rakyat di Biak (1944)

Perlawanan ini dipimpin oleh L. Rumkorem, pimpinan Gerakan “Koreri” yang berpusat di Biak. Perlawanan ini dilatarbelakangi oleh penderitaan rakyat yang diperlakukan sebagai budak belian, dipukuli, dan dianiaya. Dalam perlawanan tersebut rakyat banyak jatuh korban, tetapi rakyat melawan dengan gigih. Akhirnya Jepang meninggalkan Pulau Biak.

b) perlawanan rakyat di pulau Yapen Selatan

Perlawanan ini dipimpin oleh Nimrod. Ketika Sekutu sudah mendekat maka memberi bantuan senjata kepada pejuang sehingga perlawanan semakin seru. Nimrod dihukum pancung oleh Jepang untuk menakut-nakuti rakyat. Tetapi rakyat tidak takut dan muncullah seorang pemimpin gerilya yakni Silas Papare.

c) Perlawanan rakyat di Tanah Besar, daratan Irian (Papua)

Perlawanan ini dipimpin oleh Simson. Dalam perlawanan rakyat di Irian Jaya, terjadi hubungan kerja sama antara gerilyawan dengan pasukan penyusup Sekutu sehingga rakyat mendapatkan modal senjata dari Sekutu.