Otonomi khusus adalah kewenangan khusus yang diberikan kepada daerah tertentu untukmengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat menurut prakarsa sendiri tetapi
sesuai dengan hak dan aspirasi masyarakat di daerah tersebut. Otonomi khusus ditawarkan
melebihi otonomi daerah biasa, karena otonomi ini diberikan kepada daerah tertentu yang
bearti daerah tersebut mempunyai kelompok gerakan kemerdekaan yang ingin memisahkan
daaerahnya dari wilayah NKRI. Secara tidak langsung, pemerintah memberikan otonomi
khusus ini sebagai bentuk pendekatan damai agar kelompok gerakan tersebut tidak terus bergejolak. di Indonesia terdapat lima daerah yang menyandang status otonomi khusus atau istimewa.
A. Aceh-Dki Jakarta-Di Yogyakarta- Papua-papua barat
B.kepulauan Riau - Bali- DKI Jakarta-Aceh-papua barat
C. Nagari- gampong-menuasah-lembang- kampung
D. Di Yogyakarta-bali-Dki Jakarta- Aceh-papua​