1. Kasus Pulau Buru 1965-1966 Soeharto dalam tindakan kejahatan terhadap kemanusiaan di Pulau Buru bertindak sebagai Panglima Komando Operasi Pemulihan Keamanan dan Ketertiban yang disingkat Pangkoops Pemulihan Kamtub. Melalui keputusan Presiden Nomor 179/KOTI/65, secara resmi berdiri Komando Operasi Pemulihan Kemanan dan Ketertiban (KOPKAMTIB). Sebagai Panglima Kopkamtib, Soeharto diduga telah menyebabkan ribuan orang menjadi korban pembunuhan, penangkapan, penahanan massal dan pembuangan ke pulau Buru. ("Laporan Tim Pengkajian Pelanggaran HAM Soeharto", Komnas HAM 2003). 2. Penembakan misterius 1981-1985 "Hukuman mati" terhadap residivis, bromocorah, gali, preman tanpa melalui pengadilan ini dikenal sebagai "penembakan misterius" yang terjadi sepanjang 1981-1985. Dugaan bahwa ini merupakan kebijakan Soeharto dinilai Kontras terlihat jelas dalam pidato rutin kenegaraan pada Agustus 1981. Soeharto mengungkapkan bahwa pelaku kriminal harus dihukum dengan cara yang sama saat ia memperlakukan korbannya. Operasi tersebut juga bagian dari shocktherapy, sebagaimana diakui Soeharto dalam otobiografinya, Pikiran, Ucapan, dan Tindakan Saya (ditulis Ramadhan KH, halaman 389, 1989). Amnesty Internasional dalam laporannya mencatat korban jiwa karena kebijakan tersebut mencapai kurang lebih sekitar 5.000 orang, tersebar di wilayah Jawa Timur, Jawa Tengah dan Bandung. (Amnesty Internasional, 31 Oktober 1983; "Indonesia-Extrajudicial Executions of Suspected Criminals").