Konflik Aceh: Penyebab utama konflik ini adalah ketidakpuasan masyarakat Aceh terhadap perlakuan yang tidak adil dari pemerintah dan pemberontakan gerakan Free Aceh Movement (GAM). Pemerintah menanggulangi konflik ini melalui operasi militer dan juga dengan mengadakan perundingan damai dengan pihak GAM pada tahun 2005.

Konflik Papua: Penyebab utama konflik ini adalah ketidakpuasan masyarakat Papua terhadap perlakuan yang tidak adil dari pemerintah dan juga adanya aksi pemberontakan dari gerakan OPM. Pemerintah menanggulangi konflik ini melalui operasi militer dan juga dengan mengadakan dialog dengan pihak yang berkeberatan.

Konflik Poso: Penyebab utama konflik ini adalah adanya perbedaan agama dan suku antara masyarakat Muslim dan Kristen di Poso. Pemerintah menanggulangi konflik ini melalui operasi militer dan juga dengan mengadakan perundingan damai dengan pihak yang berkonflik serta mendorong pembentukan komunitas inter-religius.