Masalah disintegrasi nasional di Indonesia terkait dengan gerakan-gerakan separatisme yang ingin memisahkan diri dari NKRI dan menuntut otonomi atau kemerdekaan daerah masing-masing. Beberapa kasus yang terjadi seperti gerakan Aceh Merdeka dan Papua Merdeka, konflik kekerasan di Sampit, serta kasus lainnya menunjukkan adanya ketidakpuasan dan ketidakadilan dalam pemerintahan dan distribusi kekuasaan di Indonesia.

Untuk mengatasi masalah tersebut, solusinya bisa dilakukan dengan:

1. Memberikan perhatian dan pengakuan terhadap keberagaman budaya, suku, dan agama yang ada di Indonesia dengan menjunjung tinggi prinsip Bhinneka Tunggal Ika.
2. Meningkatkan pemerataan pembangunan ekonomi dan sosial di seluruh wilayah Indonesia, terutama di wilayah yang masih tertinggal dan terisolasi.
3. Meningkatkan partisipasi masyarakat dalam proses pembangunan dan pengambilan keputusan, sehingga kepentingan masyarakat dapat lebih terakomodasi.
4. Mendorong dialog dan negosiasi yang konstruktif antara pemerintah dan kelompok-kelompok separatisme untuk menyelesaikan permasalahan dengan damai dan menghindari konflik kekerasan.
5. Menghormati hak asasi manusia dan memberikan perlindungan bagi masyarakat yang terdampak konflik keamanan dalam mengatasi kasus kekerasan di berbagai wilayah di Indonesia.
6. Mengoptimalkan peran media dan lembaga pendidikan dalam mempromosikan nilai-nilai persatuan dan toleransi serta membangun kesadaran akan pentingnya menjaga keutuhan Negara Kesatuan Republik Indonesia.