Suatu peraturan perundang-undangan tidak boleh bertentangan dengan peraturan perundang-undangan di atasnya, dengan demikian Peraturan daerah tidak boleh bertentangan, misalnya dengan Undang-undang, Peraturan Pemerintah, Keputusan Presiden atau Keputusan Menteri.

Permasalahan muncul ketika TAP MPR No. III/MPR/2000 meniadakan Keputusan Menteri dalam tata urutan peraturan perundang-undangan di Indonesia, artinya di bawah Keputusan Presiden (langsung) Peraturan Daerah. Ini menjadikan Pemerintah Daerah/DPRD tidak merasa perlu 'mengikuti' Keputusan Menteri dalam pembuatan Peraturan Daerah.

Bagaimana bila Peraturan Daerah bertentangan dengan peraturan perundang-undangan di atasnya? Secara akademik, dengan mudah Peraturan Daerah tersebut dikatakan batal demi hukum. Dalam praktek tidak segampang itu. Saat ini, Departemen Dalam Negeri mempunyai Dewan Otonomi Daerah (DOD) yang salah satu tugasnya meneliti dan menilai perda-perda yang dibuat pemerintah daerah/DPRD dalam kaitannya terutama dengan konsistensi dan korelasinya dengan peraturan perundang-undangan di atasnya. Apabila dinilai bermasalah, misalnya bertentangan dengan peraturan perundang-undangan di atasnya maka DOD (hanya bisa) menganjurkan agar Pemerintah Daerah/DPRD yang bersangkutan merubah atau mencabutnya.