Beberapa penyimpangan pelaksanaan UUD NRI Tahun 1945 pada periode 1959-1966 di antaranya adalah:

1. Penggunaan kekuasaan yang otoriter: Selama periode ini, Presiden Soekarno menggunakan kekuasaannya secara otoriter dengan membatasi kebebasan pers dan menghilangkan oposisi politik. Hal ini bertentangan dengan prinsip demokrasi yang terdapat dalam UUD NRI Tahun 1945.

2. Peningkatan sentralisasi kekuasaan: Presiden Soekarno memperkuat sentralisasi kekuasaan dengan mengeluarkan dekrit-dekrit presiden yang memberikan wewenang luas pada pemerintah pusat untuk mengatur seluruh aspek kehidupan masyarakat. Hal ini melanggar prinsip desentralisasi yang terdapat dalam UUD NRI Tahun 1945.

3. Penyelewengan dana negara: Selama periode ini, terjadi banyak penyelewengan dana negara yang dilakukan oleh pejabat pemerintah yang korup. Hal ini menyebabkan kerugian besar bagi negara dan masyarakat, serta bertentangan dengan prinsip keadilan sosial yang terdapat dalam UUD NRI Tahun 1945.

4. Pemerintahan militer: Pada tahun 1965, terjadi kudeta militer yang menggulingkan Presiden Soekarno dan memulai era pemerintahan militer yang berlangsung selama 32 tahun. Hal ini melanggar prinsip demokrasi dan hak asasi manusia yang terdapat dalam UUD NRI Tahun 1945.

Untuk mengimplementasikan UUD NRI Tahun 1945 secara murni dan konsekuen, dibutuhkan pemimpin yang berintegritas, taat pada hukum, dan berkomitmen untuk melaksanakan prinsip-prinsip demokrasi, hak asasi manusia, dan keadilan sosial yang terkandung dalam UUD NRI Tahun 1945. Selain itu, juga dibutuhkan partisipasi aktif masyarakat dalam pengawasan terhadap pelaksanaan UUD NRI Tahun 1945 untuk mencegah terjadinya penyimpangan dan pelanggaran hukum yang dapat merugikan negara dan masyarakat.