Sistem pemerintahan atau sistem politik yang dijalankan oleh Kesultanan Malikussaleh adalah sistem pemerintahan berbasis kerajaan. Sistem ini menekankan pada pengelolaan wilayah secara kolektif dan berdasarkan prinsip-prinsip keadilan. Sistem ini juga menekankan pada pengelolaan sumber daya alam secara bijaksana dan berkelanjutan.

Kesultanan Malikussaleh memiliki sistem pemerintahan yang terdiri dari beberapa tingkatan, mulai dari Sultan sebagai penguasa tertinggi, para menteri yang bertanggung jawab untuk mengatur administrasi dan keuangan, para pejabat yang bertanggung jawab untuk mengatur hukum dan keadilan, serta para pegawai yang bertanggung jawab untuk mengatur keamanan dan pertahanan.

Kesultanan Malikussaleh juga memiliki sistem perwakilan yang terdiri dari para pemimpin masyarakat yang dipilih secara demokratis untuk mewakili masyarakat di tingkat lokal. Para pemimpin ini bertugas untuk menyampaikan aspirasi masyarakat kepada Sultan dan menteri-menteri.

Kesultanan Malikussaleh juga memiliki sistem ekonomi yang didasarkan pada prinsip-prinsip keadilan. Sistem ini menekankan pada perlindungan hak-hak petani dan nelayan, serta perlindungan hak-hak pekerja. Sistem ini juga menekankan pada perlindungan hak-hak warga negara dan perlindungan hak-hak asing.