Sistem pemerintahan di zaman Hindu-Buddha di Indonesia berbeda-beda tergantung pada tempat dan waktu. Namun, secara umum, pemerintahan di zaman Hindu-Buddha di Indonesia dikenal dengan sebutan sistem kerajaan. Di dalam sistem kerajaan ini, raja atau raja-raja memiliki kekuasaan tertinggi dan bertanggung jawab atas keseluruhan kerajaan.

Kerajaan di zaman Hindu-Buddha dibagi menjadi beberapa wilayah administratif yang diperintah oleh pejabat-pejabat yang diangkat oleh raja. Pejabat-pejabat ini bertanggung jawab untuk menjaga keamanan, mengumpulkan pajak, dan menjalankan tugas-tugas administratif lainnya.

Selain itu, agama juga memainkan peran penting dalam sistem pemerintahan di zaman Hindu-Buddha. Di bawah raja-raja Hindu-Buddha, agama Hindu dan Buddha tumbuh dan berkembang di Indonesia. Para raja dan bangsawan diwajibkan untuk memeluk salah satu agama tersebut dan menjadi pelindung agama. Raja-raja Hindu-Buddha juga mendukung pembangunan candi-candi, kuil-kuil, dan biara-biara sebagai tempat ibadah.

Meskipun sistem pemerintahan di zaman Hindu-Buddha berbeda dari sistem pemerintahan modern, namun sistem ini memberikan kontribusi penting dalam membentuk sejarah, budaya, dan agama Indonesia yang beragam.