Pelaksanaan otonomi daerah dilaksanakan menurut prinsip otonomi daerah, yaitu:

1. Prinsip kedaulatan rakyat, yaitu rakyat adalah pemegang kedaulatan tertinggi dalam suatu negara.

2. Prinsip pemisahan dan pembagian kekuasaan, yaitu pemisahan antara kekuasaan tingkat pusat dan daerah.

3. Prinsip kemandirian daerah, yaitu daerah memiliki kemandirian dan otonomi dalam mengatur dan mengelola kepentingan daerahnya.

4. Prinsip keterpaduan, yaitu adanya keterpaduan antara pusat dan daerah dalam mengatur dan mengelola kepentingan nasional.

5. Prinsip keterbukaan, yaitu adanya keterbukaan antara pusat dan daerah dalam mengatur dan mengelola kepentingan daerah.

6. Prinsip keadilan, yaitu adanya keadilan antara pusat dan daerah dalam mengatur dan mengelola kepentingan daerah.

7. Prinsip partisipasi, yaitu adanya partisipasi masyarakat dalam pengambilan keputusan dan pengelolaan kepentingan daerah.