Organisasi pergerakan yang muncul pada masa Kolonial Hindia Belanda seperti Sarekat Islam, Muhammadiyah, dan Partai Komunis Indonesia (PKI) memiliki tujuan utama untuk mengakhiri penjajahan Belanda dan mengusahakan kemerdekaan Indonesia dengan cara-cara damai dan politik.

Sedangkan pada masa Pendudukan Jepang, muncul organisasi-organisasi pergerakan seperti PETA (Pembela Tanah Air), Barisan Pelopor, dan Heiho. Tujuan utama dari organisasi-organisasi ini adalah untuk membantu Jepang dalam perang Asia Timur Raya dan mempertahankan kedaulatan Indonesia dari serangan sekutu yang dipimpin oleh Belanda.

Perbedaan lainnya adalah pada metode perjuangan yang dilakukan. Organisasi pergerakan pada masa Kolonial Hindia Belanda melakukan perjuangan dengan cara-cara politik dan damai, sedangkan organisasi pergerakan pada masa Pendudukan Jepang melakukan perjuangan dengan cara-cara militer dan menggunakan kekerasan.

Selain itu, organisasi pergerakan pada masa Pendudukan Jepang juga memiliki ideologi yang berbeda dengan organisasi pergerakan pada masa Kolonial Hindia Belanda. Organisasi-organisasi pada masa Pendudukan Jepang lebih cenderung pro-Jepang dan nasionalis, sementara organisasi-organisasi pada masa Kolonial Hindia Belanda memiliki ideologi yang beragam seperti agamis, nasionalis, dan komunis.