Kurikulum tahun 2004 memiliki tiga substansi struktur utama, yakni:

1. Struktur Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP)

Struktur ini diatur oleh setiap satuan pendidikan dengan memperhatikan visi, misi, tujuan, dan karakteristik wilayahnya. Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan memberikan otonomi penuh terhadap sekolah untuk mengembangkan kurikulum yang sesuai dengan kondisi dan kebutuhan masing-masing satuan pendidikan. Ini memungkinkan setiap sekolah untuk secara aktif mengembangkan kurikulum yang mengintegrasikan kompetensi inti, kompetensi dasar, dan kompetensi lulusan secara sistematis dan terpadu.

2. Struktur Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK)

Struktur Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) menekankan pada aspek pengembangan kompetensi siswa. KBK berasumsi bahwa siswa harus mengembangkan kompetensi melalui pembelajaran aktif dan kreatif serta pemecahan masalah. Oleh karena itu, KBK memfokuskan pada penguasaan keterampilan dan pemahaman konsep dari seluruh materi pelajaran. Dalam hal ini, KBK menekankan pada kegiatan pembelajaran yang kolaboratif, inovatif, reflektif, dan berorientasi pada penerapan keterampilan dalam lingkungan sosial, alam, dan lingkungan sekitar.

3. Struktur Kurikulum Berbasis Sistem (KBS)

Struktur Kurikulum Berbasis Sistem (KBS) adalah struktur kurikulum yang berfokus pada penguasaan sistem sosial, alam, dan kebudayaan yang terintegrasi secara dinamis. Dalam kurikulum ini, siswa lebih banyak mempelajari cara-cara mengamati, menyelidiki fenomena, dan penemuan ilmu pengetahuan yang mendalam serta penerapannya. Kurikulum ini juga menekankan pentingnya penggunaan media dan teknologi informasi dalam meningkatkan efektivitas komunikasi antara pelajar dengan guru serta antara siswa dengan sesamanya.

Dari ketiga struktur kurikulum tersebut, Kurikulum 2004 menekankan kebutuhan untuk meningkatkan kualitas pendidikan sekolah agar siswa memiliki kemampuan kognitif dan aplikatif yang lebih baik serta mengolah bahan pelajaran secara efektif dan efisien dalam realitas sosial budaya dan lingkungan sekitar mereka. Oleh karena itu, Kurikulum 2004 cenderung berorientasi pada kemampuan siswa dalam memahami dan penerapan ilmu pengetahuan dalam kehidupan sehari-hari.