Algoritma penjadwalan CPU yang digunakan untuk sistem operasi real-time biasanya adalah algoritma penjadwalan prioritas. Algoritma ini menjadwalkan proses berdasarkan prioritas yang ditentukan, sehingga proses yang memiliki prioritas tertinggi akan selalu dieksekusi terlebih dahulu.

Secara umum, algoritma penjadwalan CPU yang bekerja dengan waktu tunggu tertinggi adalah algoritma penjadwalan Round Robin. Algoritma ini menjadwalkan proses secara bergantian dengan waktu quantum yang telah ditentukan, sehingga semua proses dapat mendapatkan kesempatan yang sama untuk dieksekusi. Namun, karena waktu quantum yang digunakan biasanya cukup pendek, proses yang menunggu akan terus berulang-ulang sampai mendapatkan kesempatan untuk dieksekusi, sehingga waktu tunggu proses dapat menjadi cukup lama.

Dari sudut pandang teori, mungkin untuk menggunakan algoritma penjadwalan CPU yang optimal dalam praktik. Namun, pada kenyataannya, terdapat berbagai kendala yang dapat menghambat penggunaan algoritma penjadwalan CPU yang optimal, seperti ketidaktahuan tentang ukuran dan sifat proses yang akan dieksekusi, keterbatasan waktu dan sumber daya yang tersedia, serta perubahan dinamis dari kondisi sistem. Oleh karena itu, pemilihan algoritma penjadwalan CPU yang optimal tidak selalu dapat dilakukan dengan mudah dalam praktik.

Salah satu kesulitan sebenarnya dengan algoritma penjadwalan CPU SJF adalah ketidakpastian ukuran proses yang akan dieksekusi. Algoritma SJF menjadwalkan proses berdasarkan ukuran waktu eksekusi yang diperkirakan, sehingga jika ukuran proses ternyata berbeda dari perkiraan, maka algoritma ini dapat menghasilkan waktu tunggu yang tidak efisien. Oleh karena itu, algoritma SJF biasanya hanya dapat digunakan dalam situasi dimana ukuran proses dapat diperkirakan dengan tepat.