Setelah pemilu 1955, terjadi instabilitas politik di Indonesia karena beberapa faktor. Salah satunya adalah adanya perbedaan pandangan dan kepentingan di antara partai politik yang terlibat dalam Pemilu tersebut. Terdapat 29 partai politik yang ikut serta dalam Pemilu tersebut dan tidak ada satu partai pun yang memperoleh mayoritas mutlak, sehingga terjadi pembentukan koalisi yang tidak stabil.

Selain itu, ada juga konflik antara pemerintah pusat dan pemerintah daerah yang mengakibatkan terjadinya separatis di beberapa daerah. Terdapat juga konflik antara kelompok-kelompok militer di dalam pemerintah, yang memperparah situasi politik di Indonesia.

Tidak hanya itu, adanya campur tangan asing dalam politik Indonesia juga menjadi faktor yang memperumit situasi politik di Indonesia. Amerika Serikat, misalnya, mendukung kelompok Islam moderat, sementara Uni Soviet lebih mendukung kelompok komunis. Hal ini mengakibatkan terjadinya konflik politik antara kelompok-kelompok yang didukung oleh kedua negara tersebut.

Dalam kondisi politik yang tidak stabil ini, terjadi pula peristiwa G30S/PKI pada tahun 1965 yang mengguncang Indonesia dan mengakibatkan terjadinya perubahan besar dalam sistem politik Indonesia.