Indonesia memiliki peran yang sangat besar dalam kasus konflik berkepanjangan antara Negara Filipina dan Bangsa Moro di Mindanao yang diwakili oleh Front Pembebasan Nasional Moro (MNLF). Indonesia berperan dalam mendamaikan kedua belah pihak.

MNLF merupakan kelompok induk perlawanan bangsa Moro yang bertujuan untuk melawan pemerintah Filipina guna membuat negara sendiri, yaitu Negara Islam di Mindanao. Selanjutnya gerakan ini kini telah terpecah, dimana salah satunya adalah kelompok Abu Sayyaf yang memilih berafiliasi dengan ISIS.

Peran Indonesia dalam mendamaikan Filipana dengan MNLF itu terjadi pada tahun 1980, dimana presiden Filipina saat itu Ferdinand Marcos mencari bantuan untuk menyelesaikan konflik tersebut. Kemudian Marcos berkunjung ke Jakarta untuk berdialog bersama Presiden Indonesia saat itu Presiden Soeharto, guna menyelesaikan masalah tersebut.

Presiden Soeharto menyetujui permintaan Presiden Marcos tersebut, dan langkah ini terus berlanjut sampai Presiden Filipina selanjutnya yaitu Presiden Corazon Aquino, hingga akhirnya pada tahun 1989 disetujui kesepakatan bersama dengan pemberian otonomi kepada Mindanao. Namun konfik masih berlanjut, hingga akhirnya pada tahun 1993 presiden Filipina saat itu Fidel Ramos kembali ke Jakarta guna menjumpai Soeharto, dan pada akhirnya perjanjian damaipun terwujud pada tahun 1996 dengan di teken kedua belah pihak.

Oleh sebab itulah atas jasa Negara Indonesia di masa lampau, MNLF bersedia membantu membebaskan sandera asal Indonesia yang di culik oleh Kelompok Abu Sayyaf di perairan Filipina.