Alur berfikir untuk menjelaskan hubungan fungi danau dengan karakteristik kimia air adalah sebagai berikut:

1.    Fungi merupakan organisme yang hidup di air danau dan memiliki peran penting dalam mengurai bahan organik yang terdapat di air danau.
2.    Fungi menguraikan bahan organik dengan mengeluarkan enzim yang dapat memecah molekul bahan organik menjadi komponen yang lebih kecil.
3.    Proses penguraian bahan organik oleh fungi akan menghasilkan gas-gas seperti oksigen, karbon dioksida, dan hidrogen sulfida.
4.    Gas-gas yang dihasilkan oleh fungi akan mempengaruhi karakteristik kimia air danau, seperti pH, kadar oksigen, dan kadar karbon dioksida.
5.    Jika kadar oksigen di air danau meningkat, maka ini akan menguntungkan kehidupan organisme lain yang membutuhkan oksigen untuk bertahan hidup. Namun, jika kadar hidrogen sulfida meningkat, maka ini dapat merugikan kehidupan organisme lain yang tidak dapat mengurai gas tersebut.
6.    Selain itu, kadar karbon dioksida yang tinggi juga dapat mempengaruhi tingkat keasaman air danau, sehingga dapat mempengaruhi tingkat kelangsungan hidup organisme yang hidup di air danau.
7.    Dengan demikian, hubungan antara fungi danau dengan karakteristik kimia air adalah saling terkait, dimana keberadaan fungi di air danau akan mempengaruhi karakteristik kimia air danau, sementara karakteristik kimia air danau juga akan mempengaruhi keberadaan dan pertumbuhan fungi di air danau.