1. Masalah Regulasi, Hukum, dan Kebijakan Pemerintah

Permasalahan mendasar yang lumrah terjadi pada setiap perencanaan pembangunan adalah masalah yang mengarah kepada hal yang bersifat instrumental dan fundamental. Permasalahan regulasi dan hukum sampai saat ini memang masih terlihat tumpang tindih antara kebijakan satu dengan kebijakan lainnya.

Hinga kini, belum banyak aturan turunan di tingkat Peraturan Pemerintah, Peraturan Presiden, Perda dan lain sebagainya yang mengatur secara detail, teknis dan nyata tentang pembangunan dalam bidang kemaritiman (Subagyo et al., 2017). Dukungan pemerintah pula dalam hal ini sangat penting.

2. Masalah Struktur dan Kelembagaan

Baru–bari ini, dalam struktur pemerintahan saat ini melalui Kementerian Koordinator Kemaritiman, mencoba merubah sistem kelembagaan multi agent menjadi single agent untuk penegakan hukum di laut Indonesia (Kadar, 2015). Kendati demikian, hal tersebut bukanlah suatu langkah yang mudah, melainkan perlu adanya jangka waktu yang panjang dalam mempersiapkan dan menyesuaikan kelembagaan agar semakin terbiasa dengan kebijakan baru.

Terutama fungsi koordinasi harus sangat di gencar kan supaya tidak terjadi pro dan kontra akibat dari kurangnya koordinasi antar lembaga. Terkhusus lembaga lain yang pastinya belum sepenuhnya terkonsentrasi pada spesialisasi kebijakan yang mengarah kepada kemaritiman.

3. Masalah Mindset dan Kultural Indonesia

Selama ini pembangunan di Indonesia hanya berfokus kepada daratan saja. Mindset masyarakat dan para pengambil kebijakan mesti terbuka bahwa Indonesia terlahir sebagai negara kepulauan yang artinya bukan hanya soal daratan atau agraris saja, tetapi berkenaan pula dengan sejarah nenek moyang indonesia yang disebutkan sebagai pelaut karena perjuangannya dulu mempertahankan dan melindungi perairan Indonesia yang justru terlupakan.

4. Masalah Infrastruktur dan Teknologi

Orientasi pembangunan yang Indonesia yang cenderung terpusat menimbulkan permasalahan baru pula bagi bidang kemaritiman. Adanya ketimpangan infrastruktur antara wilayah bagian barat dan timur Indonesia menandakan pemerataan masih belum maksimal.

Sekitar 70 % infrastruktur indonesia masih terkonsentrasi di bagian barat, sedangkan potensi sumber daya laut masih banyak di wilayah bagian timur Indonesia, hal ini sebagai akibat dari perkembangan industri yang masih terpusat di Pulau Jawa saja. Selain itu penguasaan teknologi dan pengembangan teknologi di bidang kemaritiman Indonesia masih sangat lemah.