Ketika Pangeran Surya atau Sultan Ageng Tirtayasa naik tahta pada 1651 M, beliau berusaha memulihkan Banten sebagai pusat perdagangan internasional dengan melakukan beberapa langkah berikut:

• Mengundang para pedagang dari Inggris, Perancis, Denmark dan Portugis untuk ikut melakukan perdagangan di Banten.

• Memperluas hubungan perdagangan dengan Cina, India dan Persia.

• Mengirimkan kapal – kapal untuk mengganggu armada VOC

• Membangun saluran irigasi dari Sungai Ujung Jawa hingga ke Pontang sebagai persiapan untuk lalu lintas suplai ketika terjadi perang dan juga untuk mengaliri padi.

VOC membangun benteng – benteng di Batavia untuk menghadapi Banten yang diharapkan dapat membendung serangan yang datang dari darat dan laut. Pada 1671 Sultan Ageng mengangkat Sultan Haji sebagai Sultan Muda yang bertugas untuk mengurus masalah dalam negeri, sedangkan Sultan Ageng dan Pangeran Purbaya mengurusi masalah yang berhubungan dengan luar negeri. Pembagian dalam tata pemerintahan Kesultanan Banten ini membuka peluang bagi Belanda untuk menghasut Sultan Haji agar tidak memisahkan urusan pemerintahan di Banten dan mereka juga mempengaruhi Sultan Haji yang ambisius mengenai kemungkinan Pangeran Purbaya yang akan diangkat sebagai Raja dan pemimpin Kesultanan Banten. Sejarah perang Banten dimulai dari hasutan Belanda tersebut.

Sultan Haji yang terhasut kemudian bersekongkol dengan VOC untuk menguasai kerajaan Banten seluruhnya dengan beberapa syarat yang menguntungkan VOC, yaitu agar perdagangan lada di Banten menjadi dibawah kekuasaan VOC, mengusir pedagang dari Cina, India dan Persia, Cirebon harus diserahkan kepada VOC, dan menarik kembali pasukan Banten yang menguasai pantai. Pada 1 Maret 1680, Sultan Haji menurunkan ayahnya yaitu Sultan Ageng dari tahta kesultanan dan mengangkat dirinya sendiri sebagai Sultan Banten.

Tindakan Sultan Haji menimbulkan reaksi dari rakyat Banten yang tidak mengakuinya sebagai Sultan, dan berperang melawan VOC serta Sultan Haji demi kesetiaan mereka pada Sultan Ageng Tirtayasa. Pasukan Sultan Ageng berhasil menguasai seluruh Banten kecuali istana Sultan Haji karena memiliki benteng pertahanan yang kuat. Pada tanggal 12 Februari 1682 perang saudara di Banten pecah ketika pasukan Sultan Ageng menyerbu Surosowan, tempat kediaman Sultan Haji. VOC yang dipimpin Caeff mempertahankan tempat tersebut dengan Sultan Haji. Ketika bantuan dari Batavia datang, mereka menyerang bailk hingga pasukan Banten mengungsi ke Ciapus, Pagutan dan Jasinga. Kemudian pada tanggal 28 Desember pasukan VOC yang dipimpin Jonker, Tack dan Michielsz menyerang Pontang, Tanara dan Tirtayasa sehingga Sultan Ageng terpaksa menyelamatkan diri ke pedalaman.

Sejak itu ia diburu VOC agar mau menyatakan diri takluk pada kuasa VOC dalam sejarah perang Banten. Sultan Ageng beserta Pangeran Purbaya dan Syeikh Yusuf, menantunya mendirikan markas di Lebak atau yang sekarang dikenal sebagai Rangkasbitung. Sultan Ageng melancarkan pertempuran dengan Belanda selama setahun, namun sering menderita kerugian hingga Syeikh Yusuf tertangkap. Akhirnya pada bulan Maret 1683, Sultan Ageng Tirtayasa menyerah kepada Belanda dan ditawan di Batavia hingga kematiannya pada 1695. Syeikh Yusuf dibuang ke Ceylon, lalu ke Afrika Selatan hingga wafatnya, sementara Pangeran Purbaya meneruskan perjuangan di daerah Periangan dengan bergerilya namun akhirnya terpaksa menyerah juga.