Lingga dan Yoni adalah simbol-simbol keagamaan yang sangat penting dalam agama Hindu dan Buddha. Di Candi Muara Takus, adanya Lingga dan Yoni memiliki dua arti penting, yaitu:

1. Simbol keberadaan dewa-dewi: Lingga adalah simbol keberadaan Dewa Siwa, sedangkan Yoni melambangkan Dewi Parwati. Dalam agama Hindu, Dewa Siwa dan Dewi Parwati dianggap sebagai dewa dan dewi yang paling utama dan memiliki kekuatan untuk menciptakan dan memelihara alam semesta. Oleh karena itu, kehadiran Lingga dan Yoni di Candi Muara Takus menunjukkan penghormatan dan kepercayaan masyarakat pada dewa-dewi tersebut.

2. Simbol reproduksi dan kesuburan: Selain sebagai simbol keberadaan dewa-dewi, Lingga dan Yoni juga melambangkan reproduksi dan kesuburan. Lingga melambangkan organ reproduksi pria, sedangkan Yoni melambangkan organ reproduksi wanita. Kehadiran simbol-simbol ini di Candi Muara Takus menunjukkan bahwa masyarakat pada masa itu sangat menghargai nilai reproduksi dan kesuburan, serta menganggap hal tersebut sangat penting dalam kehidupan manusia