Berikut ini daftar kota di Jepang, diurutkan berdasarkan nama prefektur dan tanggal pendiriannya. Daftar ini juga bisa diurutkan berdasarkan populasi, luas, kepadatan penduduk, dan tanggal berdiri. Sebagian besar kota besar di Jepang adalah kota terpilih. Beberapa kota yang penting secara regional ditunjuk sebagai kota inti. Tokyo tidak termasuk dalam daftar ini, karena Kota Tokyo telah dihapus pada 1 Juli 1943. Sekarang, Tokyo berubah menjadi prefektur "metropolitan" (都 to), dengan 23 distrik kota khusus (yang sederajat dengan kota) membentuk batas-batas bekas kota lama di bagian timur prefektur.