Dari Malaka, ekspedisi bangsa Portugis meneruskan perjalanan ke timur di bawah pimpinan Francisco Serro. Bangsa Portugis akhirnya sampai di Ternate, Maluku Utara pada tahun 1512. Setelah menguasai Malaka dan Maluku, bangsa Portugis bermaksud memperluas kekuasaannya ke Pulau Sumatera yang kaya akan lada, Namun usaha dalam merebut pulau Sumatra kurang berhasil karena terdapat Kerajaan Aceh yang mendominasi perdagangan lada di pulau Sumatra. Bangsa Portugis juga memperluas perdaganganya ke Pulau Jawa. Setelah Portugis berhasil menguasai Malaka, pada 1512 Afonso de Albuquerque. Desember 1511, M de Albuquerque, wakil negara Portugis yang berkedudukan di Malaka pertama kalinya mengirimkan ekspedisi tiga kapal menuju wilayah Maluku untuk mencari rempah-rempah. Diikuti oleh Antonio de Abreu dan Fransesco Serrao tiba di Ternate pada tahun 1512. Pada tahun 1521, bangsa Spanyol tiba dengan Kapal Victoria dan Trinidad di Tidore.

Pada tahun 1513, bangsa Portugis mendarat di kepulauan Ambon yang merupakan penghasil cengkeh, tempat ini sekaligus juga merupakan pintu masuk wilayah tersebut . Kemudian dibangunlah sebuah benteng Portugis berikut dengan adanya beberapa peraturan keamanan, yang dibantu oleh sekelompok pemeluk baru agama Kristen yang berfungsi pula sebagai penyangga, dimana mereka bermukim dan berpusat disekitar benteng tersebut, yang kemudian menjadi kota Ambon (ibukota propinsi Maluku yang sekarang).

Mulailah terjadi persaingan hingga menimbulkan perang antara Portugis dan Spanyol. Pada tahun 1522, Portugis yang dipimpin Antonio de Brito berhasil mengusir Spanyol Setelah Spanyol meninggalkan Tidore, bangsa Portugis mulai memonopoli perdagangan rempah-rempah di wilayah Ternate ini. Maka timbulah perlawanan rakyat dari keempat kesultanan dalam melawan monopoli perdagangan. Hal itu juga terjadi saat bangsa lain datang seperti Inggris dan Belanda dengan niat yang lama hingga peperangan melawan penjajah melahirkan beberapa pahlawan nasional

Pada abad ke-16, bangsa-bangsa Eropa mulai datang dan menguasai perdagangan di Maluku. Pertama-tama Portugis, yang datang sambil mengemban misi keagamaan yang dibawa oleh Santo Fransiskus Xaverius. Baru pada abad ke-17 Belanda hadir di Maluku. Sejak itulah kisah heroik perjuangan mengusir penjajah Belanda mulai bergulir. Kehadiran Portugis di perairan dan kepulauan Indonesia itu telah meninggalkan jejak-jejak sejarah yang sampai hari ini masih dipertahankan oleh komunitas lokal di Nusantara, khususnya Maluku. Pengaruh Portugis di wilayah Maluku berdasarkan Sumber data dan peninggalan-peninggalan sejarah berciri Portugis sangat kuat mengakar di wilayah ini