Ada tiga pulau yang pernah menjadi sengketa antara Indonesia dengan Malaysia, blok Ambalat yang terletak di Selat Makasar menyimpan potensi kekayaan laut yang luar biasa, terutama minyak. Berdasarkan hukum laut PBB (UNCLAW) Ambalat diakui dunia sebagai milik Indonesia. namun ada dua pulau yang ada di ujung timur Kalimantan berdasarkan keputusan Mahkamah Internasional jatuh ke tangan Malaysia, yaitu ...Natuna dan Riau

Pedra Branca dan Preah Vihear

Batu Putih dan Spratly

Ligitan dan Sipadan​