Ekosistem tersusun atas makhluk hidup (biotik) dan benda mati (abiotik). Makhluk hidup anggota ekosistem terdiri atas tingkatan organisme dari yang terkecil sampai terbesar, yaitu individu, populasi, komunitas, ekosistem, bioma, dan biosfer.

Individu adalah organisme tunggal contohnya, untuk seekor hewan, seorang manusia, dan sebatang pohon.

Populasi adalah kumpulan individu yang sejenis dan hidup di suatu daerah dengan waktu tertentu. Contohnya di sebuah danau ada sekelompok ikan nila sedang mencari makan, populasi pohon jati di Kabupaten Kudus.

Komunitas adalah sekumpulan berbagai macam populasi makhluk hidup yang hidup dalam suatu wilayah tertentu. Suatu komunitas tersusun dari semua populasi yang hidup dan saling berinteraksi antara satu dengan yang lain dalam suatu wilayah dan waktu tertentu. Contohnya, di dalam sebuah sebuah kolam ikan air tawar, mungkin akan ada sekumpulan ikan nila, sekumpulan teratai, sekumpulan ganggang hijau, dan juga sekumpulan katak. Semua kumpulan populasi makhluk hidup tersebut berada dalam suatu tempat.

Ekosistem adalah kesatuan komunitas dan lingkungan hidupnya yang saling berinteraksi dan membentuk hubungan timbal balik. Oleh karena itu, ekosistem disebut juga sistem lingkungan. Misalnya komunitas ikan air tawar selalu berhubungan dengan kolam ikan, air, udara, tanah dan sinar matahari.

Bioma adalah suatu area tanah yang luas yang diklasifikasikan berdasarkan iklim, serta tumbuhan dan hewan yang membuat rumahnya di sana. Bioma mengandung banyak ekosistem dalam area yang sama. Contohnya, bioma gurun, biama padang pasir, bioma tundra, dan lain-lain.

Biosfer adalah lingkungan yang dibentuk oleh keseluruhan ekosistem yang ada di bumi. Semua ekosistem yang ada di bumi beserta atmosfer yang melingkupinya saling berinteraksi membentuk biosfer.