Jika lisosom di dalam sel pecah dan mengeluarkan isinya ke dalam sitoplasma, ini dikenal sebagai lisosom yang "pecah". Ini dapat menyebabkan beberapa konsekuensi yang merugikan pada sel. Beberapa diantaranya adalah :

Kerusakan sel: Enzim yang terkandung dalam lisosom, seperti protease dan lipase, akan mengurai protein dan lemak yang ada di dalam sel. Hal ini dapat menyebabkan kerusakan pada sel yang tidak dapat diperbaiki dan menyebabkan sel mati.

Inflamasi: Beberapa komponen yang dihasilkan dari lisosom yang pecah dapat menyebabkan inflamasi pada sel yang sehat di sekitarnya.

Autofagia: Lisosom yang pecah dapat menyebabkan proses autofagia yang tidak normal. Autofagia adalah proses di mana sel memakan komponen yang rusak dari dalam sel sendiri. Namun jika terjadi secara berlebihan dapat menyebabkan kerusakan sel.

Gangguan pada proses metabolisme: Lisosom yang pecah dapat mengganggu proses metabolisme dalam sel, seperti proses glikolisis dan respirasi seluler. Hal ini dapat menyebabkan sel menjadi lebih rentan terhadap stres oksidatif dan kerusakan DNA.

Penyakit: Lisosom yang pecah dapat menyebabkan beberapa penyakit, seperti penyakit neurodegeneratif, penyakit lisosomal, dan penyakit autoimun.