Menurut klasifikasi Wallacea yang dikembangkan oleh ahli biologi Alfred Russel Wallace, fauna di Indonesia dapat dibagi menjadi tiga wilayah persebaran utama, yaitu:

1. Zona Sunda: Wilayah ini mencakup sebagian besar pulau Sumatera, Jawa, Bali, Kalimantan, dan sebagian Kepulauan Nusa Tenggara. Beberapa fauna khas di zona ini termasuk orangutan, harimau Sumatera, badak bercula satu, gajah Sumatera, bekantan, burung cendrawasih, dan banyak lagi.

2. Zona Sahul: Wilayah ini meliputi sebagian besar Papua, Papua Nugini, dan Kepulauan Maluku. Beberapa fauna yang khas di zona ini meliputi kasuari, burung paruh-bengkok, burung kakaktua, kanguru pohon, dan marsupial lainnya.

3. Zona Filipina: Wilayah ini mencakup Kepulauan Filipina, termasuk Kepulauan Sulawesi dan Kepulauan Maluku Utara. Beberapa fauna yang khas di zona ini termasuk babirusa, tarsius, anoa, burung Maleo, dan kera hitam Sulawesi.

Perlu dicatat bahwa persebaran fauna di Indonesia tidak terbatas pada tiga zona ini saja, dan terdapat beberapa spesies yang memiliki persebaran yang lebih luas atau ada yang endemik di pulau-pulau kecil atau tertentu. Penyusunan daftar fauna Indonesia yang lebih rinci dapat mencakup ribuan spesies, karena Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang sangat tinggi.