Berikut adalah beberapa potensi kesulitan dalam penggunaan vektor plasmid dan selendang bakteri untuk menghasilkan protein dalam jumlah besar dari gen-gen eukariotik hasil pengklonan:

1. Instabilitas vektor plasmid: Vektor plasmid yang digunakan dalam sintesis protein eukariotik seringkali tidak stabil, sehingga membutuhkan pemeliharaan dan perawatan yang intensif untuk menjaga integritas dan kelangsungan hidup bakteri.
2. Penyesuaian genetik: Gen-gen eukariotik seringkali membutuhkan modifikasi untuk menyesuaikan mereka dengan sistem sintesis protein pada bakteri.
3. Hambatan pada ekspresi protein: Beberapa gen eukariotik mungkin memiliki hambatan pada ekspresi protein pada sel bakteri, sehingga menghambat proses sintesis protein.
4. Limitation post-translasi: Sintesis protein yang dilakukan pada sel bakteri mungkin mengalami hambatan post-translasi, seperti pengendapan protein, pengikatan protein dengan lainnya, dan lain-lain.
5. Inefisiensi replikasi: Vektor plasmid yang digunakan dalam sintesis protein eukariotik seringkali memiliki inefisiensi replikasi, sehingga menghambat produksi protein dalam jumlah besar.

Untuk mengatasi potensi kesulitan tersebut, dibutuhkan optimasi dan modifikasi pada proses sintesis protein, seperti pemilihan vektor plasmid yang stabil dan efisien, optimasi kondisi sintesis protein, dan lain-lain.