Penyimpangan hukum Mendel terjadi ketika pewarisan sifat tidak mengikuti pola yang dijelaskan oleh hukum Mendel. Salah satu penyimpangan hukum Mendel terjadi pada persilangan dihibrid, yaitu persilangan antara dua individu yang heterozigot pada dua gen yang berbeda. Menurut hukum Mendel, persilangan dihibrid seharusnya menghasilkan rasio fenotipik 9:3:3:1 pada keturunan F2. Namun, dalam beberapa kasus, rasio fenotipik yang dihasilkan dapat berbeda.

Salah satu contoh penyimpangan hukum Mendel pada persilangan dihibrid adalah penyimpangan pengaruh dominan. Dalam beberapa kasus, alel yang seharusnya bersifat resesif dapat menunjukkan pengaruh dominan dalam kondisi tertentu. Contohnya adalah alel merah yang seharusnya bersifat resesif pada bunga ercis, namun pada kondisi kekurangan air atau suhu yang ekstrem, alel merah dapat menunjukkan pengaruh dominan dan membuat bunga menjadi berwarna merah.

Selain itu, terdapat pula penyimpangan persilangan independen. Menurut hukum Mendel, gen-gen pada kromosom yang berbeda akan diwariskan secara independen satu sama lain. Namun, pada beberapa kasus, gen-gen tersebut dapat terikat pada satu kromosom dan diwariskan bersama-sama sebagai satu unit. Hal ini disebut sebagai pengikatan (linkage) gen dan dapat menyebabkan rasio fenotipik yang berbeda pada keturunan F2.

Dalam kesimpulannya, meskipun hukum Mendel menggambarkan pola pewarisan sifat yang akurat dan konsisten pada banyak organisme, tetapi dalam beberapa kasus dapat terjadi penyimpangan hukum Mendel yang menyebabkan rasio fenotipik yang berbeda dari yang diharapkan. Oleh karena itu, pewarisan sifat dapat dipengaruhi oleh banyak faktor, termasuk interaksi gen, kondisi lingkungan, dan faktor kebetulan.