Mikroorganisme berasal dari berbagai sumber, termasuk udara, air, tanah, dan organisme hidup lainnya. Ada beberapa jenis mikroorganisme yang dapat terlibat dalam proses fermentasi, seperti bakteri, ragi, dan jamur.

Beberapa mikroorganisme berasal dari lingkungan sekitar kita, seperti bakteri asam laktat yang ditemukan pada kulit dan di usus manusia, serta pada permukaan buah-buahan. Rag i juga dapat ditemukan di alam liar pada permukaan tanah, tumbuhan, dan buah-buahan.

Selain itu, mikroorganisme dapat ditemukan di lingkungan industri, seperti di dalam fermentor atau tangki fermentasi, di mana mereka ditempatkan untuk menghasilkan produk fermentasi tertentu. Misalnya, ragi yang digunakan dalam pembuatan roti dan bir biasanya dibeli dari produsen ragi komersial.

Dalam banyak kasus, mikroorganisme yang digunakan dalam proses fermentasi dipilih berdasarkan kemampuannya untuk menghasilkan produk yang diinginkan dan juga kemampuannya untuk bertahan hidup di lingkungan yang sesuai dengan kondisi fermentasi yang diinginkan.