Mikroorganisme non-patogen adalah mikroorganisme yang tidak menyebabkan penyakit pada manusia atau hewan. Oleh karena itu, keberadaan mikroorganisme non-patogen pada air tidak selalu menunjukkan bahwa air tersebut aman dan tidak tercemar. Sebaliknya, air yang mengandung mikroorganisme patogen (mikroorganisme yang dapat menyebabkan penyakit) merupakan tanda bahwa air tersebut tercemar dan tidak aman untuk dikonsumsi. Ciri-ciri air yang sudah tercemar yang sebenarnya adalah sebagai berikut:

• Rasanya berubah, misalnya terasa pahit, asin, atau asam.
• Baunya berubah, misalnya tercium bau busuk atau amis.
• Warnanya berubah, misalnya menjadi keruh atau berubah menjadi warna yang tidak biasa.
• Mengandung zat-zat berbahaya, seperti logam berat atau bahan kimia beracun.
• Mengandung mikroorganisme patogen, seperti bakteri, virus, atau parasit.