Semua bahan keju mengalami degradasi secara biokimia selama proses pengolahan. Pada proses fermentasi, laktosa terdegradasi menjadi asam laktat sebagaimana persamaan reaksi berikut:

Pada keju Cheddar, mengalami penurunan pH dari 6,55-5,15 mulai dari proses pengasaman (penambahan bakteri) sampai proses penekanan. Dengan adanya bakteri asam propanoat (sabagaimana dalam keju Emmental), asam laktat berubah menjadi asam propanoat, asam asetat dan CO2, berdasarkan reaksi berikut:

Rasio asam propanoat dan asam asetat dipengaruhi oleh potensial redoks keju, misalkan dengan keberadaan nitrat, rasio lebih rendah

Skema Fermentasi Asam Propanoat

Degradasi lemak susu tergantung pada jenis bakteri yang ditambahkan. Kebanyakan jenis keju, lipolisis menjadi prasyarat untuk memperoleh aroma yang nikmat. Lipolisis dilakukan dengan cara homogenisasi susu yang membebaskan asam lemak sehingga mempengaruhi aroma keju. Pada adisi asam lemak bebas, 2-alkanon dan 2-alkanol terbentuk sebagai produk β-oksidasi asam lemak.

Pada saat pencetakan, Penicillium roqueforti menggunakan β-ketoasil-CoA deasilase (thiohidrolase) dan β-ketoasid dekarboksilase untuk menghasilkan tipikal senyawa yang memberikan aroma pada keju semi-lunak.

Degradasi protein menjadi asam amino terjadi dengan peptida sebagai produk intermediet. Berdasarkan varietas keju, 20-40% kasein berubah menjadi turunan protein yang larut, di mana 5-10% merupakan asam amino. Range pH 3-6 adalah kondisi optimum untuk aktivitas peptidase Penicillium roqueforti. Proteolisis dipengaruhi oleh kandungan air dan garam dalam keju. Dalam keju padat, kandungan asam amino sekitar 2,8-9%. Asam glutamat merupakan asam amino bebas yang sangat penting untuk rasa keju. Kesalahan saat pematangan dapat menyebabkan terbentuknya peptida yang berasa pahit.

Asam amino dapat mengalami perubahan (reaksi) lebih lanjut. Pada pematangan keju dengan kondisi pH yang lebih rendah dapat meyebabkan dekarboksilasi menjadi amina, sedangakan pada kondisi pH yang lebih tinggi dapat menyebabkan terjadinya reaksi oksidasi.

Proteolisis tidak hanya berkontribusi pada aroma, tetapi juga mempengaruhi tekstur keju. Proteolisis dapat mencairkan hampir seluruh massa keju lunak yang dimatangkan secara berlebih.

Untuk menghindari terjadinya reaksi dekarboksilasi maupun oksidasi asam amino, maka harus dijaga pH saat pematangan keju, sehingga pH tidak terlalu rendah ataupun terlalu tinggi. Dengan menjaga kondisi saat pematangan maka akan diperoleh keju dengan rasa, aroma dan tekstur yang enak.