Jawaban:

Tahun 2000 di beberapa sentra pertanaman

cabai di Indonesia, terjadi epidemi penyakit daun

keriting kuning. Hasil identifikasi membuktikan

bahwa penyakit daun keriting kuning cabai

disebabkan oleh anggota Geminiviridae yaitu genus

Begomovirus. Penyakit daun keriting kuning cabai

oleh Begomovirus di Indonesia sebenarnya bukan

merupakan penyakit baru, tetapi keberadaannya

telah menimbulkan masalah sejak10 tahun terakhir

ini. Di Indonesia serangan Begomovirus pada cabai

dilaporkan pertama kali oleh Hidayat et al. pada

tahun 1999. Sejak saat itu hingga sekarang ini, serangan Begomovirus terus berkembang dan

menjadi epidemi di beberapa sentra pertanaman

cabai di Jawa Tengah, Jawa Barat, DIY dan

beberapa provinsi di Sumatera, Bali,Kalimantan,

dan Sulawesi serta menimbulkan kerugian yang

sangat besar(Sulandari, 2004).

Penanganan kasus ini

Deteksi Begomovirus dengan PCR

Gen protein selubung (coat protein)

Begomoviruscabai rawit yang terinfeksi

diamplifikasi dengan teknik PCR mengikuti

prosedur Rojas et al. (1993) menggunakan primer

universal yaitu pAL1V178 dan pAR1C715

menghasilkan pita DNA yang sangat jelas

berukuran 580 bp.

Gambar 4 Hasil amplifikasi PCR menggunakan primer

PAL/PAR dengan pita DNA berukuran 580

bp.

Hasil penelitian ini membuktikan bahwa

penggunaan teknik PCR dengan primer

universal untuk mendeteksi Begomovirus pada

cabai rawit yang bergejala daun keriting kuning

sangat ideal, tepat dan akurat dan dapat

digunakan sebagai alat deteksi awal adanya

keberadaan Begomovirus pada suatu tanaman.

Hasil tersebut menunjukkan bahwa gejala

penyakit daun kuning keriting pada tanaman

cabai rawit di Desa Sesait Kecamatan

Kayangan Kabupaten Lombok Utara terinfeksi

oleh Begomovirus.

Menurut Rojas et al., (1993) dan Hidayat

et al., (1999), primer universal seperti

pAL1V178 dan pAR1C715 dan

Krusty&Homer merupakan primer yang

dirancang berdasarkan sekuen DNA beberapa

Begomovirus akan mengamplifikasi bagian

genom Begomovirus yang mencakup daerah

common region, sebagian gen replikasi dan

sebagian gen coat protein. Daerah common

region merupakan daerah yang terdiri atas

sekitar 200 bp mempunyai derajat kesamaan

tinggi antara DNA-A dan DNA-B dari suatu

virus (Matthews, 1993).

Protein capsid (selubung protein atau

coat protein) merupakan komponen utama

Begomovirus meliputi 40 – 50% dari

polipeptida partikel virus. Pada inang yang

terinfeksi, selubung protein Begomovirus

digunakan untuk penyebaran sistemik melalui

jaringan vascularnya dan berperan sebagai

perantara dalam penularan serangga vektor

(vector mediated transmission). Gen yang

menyandi protein selubung sering digunakan

sebagai dasar analisis taksonomi famili

Geminiviridae karena mempunyai derajat

kesamaan yang tinggi (conserved) pada

beberapa anggota Begomovirus yang termasuk

dalam satu genus. Sekuen selubung protein saat

ini semakin banyak digunakan untuk klasifikasi

taksonomi karena relatif stabil, dan memiliki

variasi basa yang dapat membedakan antar

isolat virus yang dekat hubungan

kekerabatannya.

Windarningsih, 2015 mengamplifikasi

gen penyandi protein capsiddengan PCR

menggunakanprimer spesifik PYLCVdan

berhasil mendeteksi keberadaan Begomovirus

dari cabai bergejala daun keriting kuning asal

Pulau Lombok dari tiga Kabupaten (isolat

Lombok Timur, isolat Lombok Barat dan isolat

Lombok Tengah). Hasil PCR ditunjukkan

dengan keberadaan pita DNA berukuran sekitar

840 bp.