1. Mulut

Makanan akan diingesti ke dalam rongga mulut reptil yang akan mengalami pencernaan secara mekanik maupun kimiawi. Mulut disusun oleh sel-sel bersilia yang mengsekresikan mukus/lendir  untuk membantu melumasi makanan agar mudah ditelan.

Pada reptil pemakan daging (karnivora), mulut dilengkapi dengan gigi-gigi yang tajam yang membantu menangkap objek makanannya. Sedangkan pada reptil herbivora, terdapat gigi yang sederhana  dalam rongga mulutnya.

Keberadaan kerikil-kerikil kecil dalam lambung yang dikenal dengan “gastrolit”  juga membantu kerja gigi dalam mencerna makanan di dalam mulut.

Beberapa reptil bahkan memiliki lidah panjang yang dapat dijulurkan ke luar guna mendeteksi panas yang dipantulkan dari tubuh mangsanya, juga dapat digunakan untuk menagkap mangsanya dan digunakan untuk minum.

Rahang atas dan rahang bawah reptil tidak menyatu, hal ini memungkinkan reptil untuk memangsa hewan yang berukuran lebih besar dari dirinya. Kelenjar ludah mebnghasilkan saliva yang mengandung enzim pencernaan. Beberapa reptil, memiliki kelenjar racun di dalam rongga mulut yang berfungsi untuk melumpuhkan mangsanya.

2. Esofagus

Esofagus pada reptil memiliki panjang yang bervarian tergantung spesiesnya. Esofagus disusun atas sel-sel bersilia dan sel goblet yang menghasilkan lendir/mukus.

Saluran esofagus akan menghantarkan makanan dari mulut  menuju lambung melalui gerakan peristaltik yang dibantu oleh otot-otot penyusun dinding esofagus. Di dalam esofagus tidak terjadi proses pencernaan.

3. Lambung

Lambung akan meneruskan pencernaan dari mulut. Dinding-dinding lambung melepaskan enzim-enzim pencernaan dan getah lambung (HCL) kemudian membantu memecah senyawa protein. Setelah itu, makanan akan dialirkan menuju usus halus melalui sfingter piloris.

4. Intestinum (Usus Halus)

Usus halus merupakan organ terpanjang pada sistem pencernaan. Duodenum merupakan bagian usus halus yang pertama kali menerima kim dari lambung. Kelenjar-kelenjar pencernaan, hati, dan pankreas membantu mencerna makanan secara kimiawi dengan mengeluarkan sekretnya (tidak terjadi pencernaan mekanik di usus halus).

Pankreas mengeluarkan enzim-enzim ke dalam lumen duodenum yang akan membantu menghidrolisis makanan yang mengandung karbohidrat oleh karbohidrase, lemak oleh lipase, dan protein oleh proteinase.

Garam empedu yang disimpan di dalam kantung empedu merupakan hasil perombakan sel darah merah yang telah usang.

Garam empedu disekresikan ke lumen duodenum untuk membantu dalam pencernaan lemak dan penyerapan vitamin yang terlarut dalam lemak. Selain itu, di dalam garam empedu terdapat zat warna “urobilin” yang akan mewarnai feses.

Lebih jauh lagi, dinding duodenum juga menghasilkan enzim pencernaan yang membantu melumatkan lebih dalam kim yang berasal dari lambung.

Pencernaan terus berjalan seiring dengan didorongnya partikel-partikel makanan menyusuri jejenum melalui gerakan peristaltik otot-otot usus.

Penyerapan sari-sari makanan berlangsung di usus ileum yang memilki pembuluh darah dan limfe disepanjang dinding ileum. Adanya pelipatan sel epitelium dinding ileum yang disebut dengan “jonjot vili” membuat luas permukaan penyerpan usus semakin luas.

5. Usus Besar

Makanan yang tidak dicerna didorong menuju usus besar. Terdapat sekum yang pendek yang membatasi antara usus halus dengan usus besar. Sekum berkembang baik pada reptil pemakan tumbuhan (herbivora).

Di dalam usus besar, reptil akan mengalami pembususkan dan pengurangan kadar air. Dinding-dinding sel usus besar menyerap kelebihan air dan nutrisi penting yang belum diserap saat di bagian ileum,

6. Kloaka

Merupakan muara tiga saluran, urin, reproduksi dan pencernaan. Kloaka merupakan muara  menjadi tiga bagian:

1.    Korprodaeum    : tempat keluar dari sistem pencernaan

2.    Uradaeum        : menerima dari saluran urin dan sel kelamin

3.    Proctodaeum    : daerah pengumpul.