Keadaan Nabi Yunus setelah pergi dari kaum Ninawa menjadi tidak menentu. Dia pun mengembara tanpa tujuan dengan putus asa dan merasa berdosa. Akhirnya dia sampai di tepi pantai dan melihat sebuah kapal yang akan menyeberangi laut. Dia menumpang kapal tersebut, namun ketika kapal itu sedang berlayar tiba-tiba terjadilah badai yang sangat hebat. Kapal berguncang, dan para penumpang sepakat untuk mengurangi beban dengan membuang salah satu di antara mereka ke laut.

Undian pertama jatuh pada Nabi Yunus, undian kembali diulang hingga pada undian yang ketiga nama yang keluar adalah nama Nabi Yunus. Beliau tersadar bahwa itu adalah kehendak Allah, Nabi Yunus menjatuhkan diri ke laut. Allah mewahyukan kepada ikan Nun (paus) untuk menelan Nabi Yunus. Di dalam perut ikan Nun, beliau bertobat dan meminta ampun kepada Allah dan pertolongan-Nya. Dia bertasbih selama 40 hari di dalam perut ikan Nun.