Hubungan kerjasama Indonesia dengan Malaysia dibidang politik terbilang baik. Kedua negara telah menjalin hubungan diplomasi sejak tahun 1957, dan sejak saat itu telah terjadi banyak kerjasama dibidang politik, antara lain:

1. Kerjasama dibidang keamanan dan pertahanan, termasuk pertukaran kunjungan dan latihan bersama.

2. Kerjasama dibidang parlemen, termasuk pertukaran kunjungan dan dialog parlemen.

3. Kerjasama dibidang diplomasi, termasuk pertukaran kunjungan antar kepala negara dan pertemuan tingkat tinggi.

4. Kerjasama dibidang pemberantasan terorisme, kejahatan terorganisir, dan narkotika.

5. Kerjasama dibidang pemulihan ekonomi pasca pandemi Covid-19.

6. Kerjasama dibidang politik antara Indonesia dan Malaysia juga telah terjadi dalam forum regional, seperti ASEAN dan East Asia Summit. Kedua negara juga sering bekerjasama dalam menyelesaikan isu-isu regional, seperti isu kepulauan Natuna dan isu perbatasan laut.