Jika suatu danau didominasi oleh tumbuhan eceng gondok, maka kondisi danau tersebut akan terganggu. Eceng gondok dapat menyebabkan meningkatnya evapotranspirasi dan mengurangi kadar oksigen terlarut di dalam air. Hal ini dapat menyebabkan kematian biota air karena kekurangan oksigen dan cahaya matahari. Selain itu, eceng gondok yang telah mati juga dapat mempercepat pendangkalan danau karena sisa tumbuhan akan turun dan mengendap di dasar danau. Dampak pada komponen abiotik lainnya adalah pencemaran air. Oleh karena itu, tumbuhan eceng gondok perlu dikendalikan agar tidak merusak ekosistem danau.